2025-07-10 01:15:00
圖2MAZTER-Seq實(shí)驗(yàn)流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗(yàn)證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測(cè)到的剪切效率高于野生型(剪切效率高低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測(cè)的特異性位點(diǎn)是否準(zhǔn)確呢?作者也將該方法檢測(cè)到的新甲基化位點(diǎn)使用放射標(biāo)記層析檢測(cè),發(fā)現(xiàn)預(yù)測(cè)的位點(diǎn)準(zhǔn)確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進(jìn)行了比較,也證實(shí)了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測(cè)結(jié)果驗(yàn)證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外,后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)**模型中檢測(cè)了MAZTER-Seq這一系統(tǒng);并進(jìn)一步通過這一方法檢測(cè)了哺乳動(dòng)物不同細(xì)胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對(duì)整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù),其他部分暫不過多分析了。新的技術(shù)能拓展我們的研究內(nèi)容;對(duì)于這一技術(shù)??梢苑€(wěn)定的WB精髓與經(jīng)驗(yàn)分享。上海病理科研技術(shù)服務(wù)購買
RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]?!熬幋a器(Writer)”即甲基轉(zhuǎn)移酶,目前已知這個(gè)復(fù)合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉(zhuǎn)甲基化;m6A由m6A結(jié)合蛋白識(shí)別,目前發(fā)現(xiàn)m6A結(jié)合蛋白(讀碼器)有YTH結(jié)構(gòu)域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統(tǒng)METTL3是早先被鑒定為結(jié)合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細(xì)胞、Hela細(xì)胞和HepG2細(xì)胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細(xì)胞核內(nèi)亞細(xì)胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關(guān)。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體的新亞基。上海病理科研技術(shù)服務(wù)購買這種技術(shù)是將蛋白質(zhì)視為抗原,并利用抗體與之進(jìn)行特異性結(jié)合的特性,來進(jìn)行研究。
靜置25分鐘后把酒精倒干,用吸水紙吸出多余的酒精,然后配壓縮膠,同樣的操作,關(guān)鍵是梳子要插得快,要小心梳子下產(chǎn)生氣泡,然后靜置30分鐘。如果是當(dāng)天跑膠,我會(huì)等上層膠凝2個(gè)小時(shí)再用,但要注意防干燥縮水,可以在一個(gè)小時(shí)的時(shí)候沿著梳子上緣加點(diǎn)電泳液。所以我一般提前一晚制膠,泡于純水或者電泳液里置于4度冰箱暫存。三、蛋白電泳1、上樣前準(zhǔn)備把膠組裝到電泳芯上,注意密閉性(否則漏液),如果內(nèi)槽漏液就不是勻強(qiáng)電場(chǎng)了,條帶可能就不是一條直線。然后內(nèi)槽倒?jié)M電泳液,拔梳子,這一步要小心,梳子要兩邊一起緩緩?fù)习纬?,然后觀察泳道內(nèi)有無脫落的膠?;蛘吣z絲,有的話用1毫升注射器吸出。然后從冰箱取出蛋白樣品,解凍。準(zhǔn)備振蕩器。2、上樣和電泳注意,上樣后蛋白會(huì)開始慢慢在膠中彌散,所以上樣越快越好。我習(xí)慣先上蛋白Marker,再上蛋白樣品,蛋白上樣前確保樣品完全解凍和充分振蕩(推薦使用振蕩器振蕩),吸的時(shí)候沒有拉絲即可,建議上樣分鐘把樣品從冰上取出來,不然樣品中SDS可能會(huì)結(jié)晶析出,從而影響電泳效果。上層膠80V25分鐘,下層膠120V65分鐘。四、轉(zhuǎn)膜1、轉(zhuǎn)膜前準(zhǔn)備我會(huì)在電泳結(jié)束0分鐘準(zhǔn)備,把轉(zhuǎn)膜液配好置于4度冰箱預(yù)冷,然后裁膜,準(zhǔn)備轉(zhuǎn)膜裝置。
固定的目的①保持其原有狀態(tài):使細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)、脂肪、糖、酶等成分轉(zhuǎn)變?yōu)椴蝗苄晕镔|(zhì),迅速防止、細(xì)胞的死后變化,防止自溶與,防止細(xì)胞過度收縮或膨脹而失去其原有形態(tài)結(jié)構(gòu),使之盡量保持生前的狀態(tài)和結(jié)構(gòu)。②以便染色后易于鑒別和觀察:不同成分對(duì)染料有不同的親和力,以便染色后易于鑒別和觀察。③使塊硬化,便于制作薄片(塊在脫水、包埋、切片、染色等過程中不易損壞)。(3)固定液固定液種類:一類是單純固定液,即只有一種試劑;另一類是混合固定液,由兩種或兩種以上試劑組成。作為較好的固定液,應(yīng)有下列特性,首先,有強(qiáng)滲透力,能迅速的滲入內(nèi)部;其次,不使過度收縮或膨脹,并能使內(nèi)欲觀察的成分得以凝固為不溶性物質(zhì);能使達(dá)到一定的硬度并獲得較佳的折光率和對(duì)某些染料具有較強(qiáng)的親和力。固定液通常使用10%的甲醛溶液。特殊要求的,常需要特殊的固定液,取樣之前應(yīng)做好準(zhǔn)備。如眼球樣本應(yīng)使用FAS眼球固定液,脂肪應(yīng)使用脂肪固定液等。此外,在進(jìn)行骨樣本制備的時(shí)候,還應(yīng)注意提前進(jìn)行脫鈣處理,可根據(jù)具體情況選擇慢脫鈣或快脫鈣處理??偟膩碚f,樣品的采集是實(shí)驗(yàn)中至關(guān)重要的一環(huán),如果取樣環(huán)節(jié)出現(xiàn)了偏差,往往會(huì)導(dǎo)致后續(xù)檢測(cè)結(jié)果的偏移。進(jìn)行免疫沉淀法時(shí),抗體需要和一個(gè)受質(zhì)結(jié)合。
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果及TCGA數(shù)據(jù)庫分析)圖5RNA-Seq和m6A-seq聯(lián)合鑒定SOCS2是介導(dǎo)的m6A修飾的下游靶基因PLoSOne2015,在許多不同種類的RNA中,都已觀察到N6-腺苷(m6A)的甲基化,但其在microRNAs中還沒有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3細(xì)胞系中,通過敲除m6A甲基轉(zhuǎn)移酶FTO篩選到表達(dá)差異的microRNA,說明miRNA受m6A甲基化的調(diào)控。進(jìn)一步通過MeRIP-Seq發(fā)現(xiàn)相當(dāng)一部分的microRNA具有m6A修飾。通過motif分析,他們發(fā)現(xiàn)了區(qū)分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。該文章所述的表觀遺傳修飾在基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的復(fù)雜性上增加了一個(gè)新的層次。圖FTO敲除對(duì)甲基化的miRNAs的穩(wěn)定狀態(tài)的影響。參考文獻(xiàn)Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">pan>xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">pan>(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。免疫系統(tǒng),人體的免疫系統(tǒng)由免疫細(xì)胞、免疫分子構(gòu)成。上海病理科研技術(shù)服務(wù)購買
科研技術(shù)服務(wù)的價(jià)值在于將科研成果轉(zhuǎn)化為實(shí)際應(yīng)用,推動(dòng)社會(huì)進(jìn)步與發(fā)展。上海病理科研技術(shù)服務(wù)購買
shRNA)蛋白檢測(cè)蛋白純化蛋白分析蛋白修飾細(xì)胞生物學(xué)檢測(cè)藥物篩選實(shí)驗(yàn)動(dòng)物臨床檢測(cè)試劑相關(guān)檢驗(yàn)試劑抗體庫抗體抗體制備第二抗體試劑盒抗體相關(guān)抗體庫抗體抗體制備第二抗體試劑盒抗體相關(guān)技術(shù)服務(wù)庫整體實(shí)驗(yàn)外包服務(wù)細(xì)胞生物學(xué)服務(wù)測(cè)序/分子生物學(xué)服務(wù)生物芯片服務(wù)蛋白相關(guān)服務(wù)新藥研發(fā)外包服務(wù)技術(shù)服務(wù)庫整體實(shí)驗(yàn)外包服務(wù)分子生物學(xué)服務(wù)寡核苷酸合成細(xì)胞生物學(xué)服務(wù)干細(xì)胞技術(shù)服務(wù)微生物學(xué)服務(wù)免疫學(xué)服務(wù)蛋白相關(guān)服務(wù)生物芯片服務(wù)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物服務(wù)新藥研發(fā)外包服務(wù)大型儀器測(cè)試與驗(yàn)證服務(wù)儀器維修服務(wù)技術(shù)培訓(xùn)服務(wù)其它服務(wù)活動(dòng)專題CellSignalingTechnology學(xué)堂生物標(biāo)志物檢測(cè)將如何推進(jìn)抗藥物研發(fā)細(xì)胞焦亡信號(hào)通路關(guān)鍵蛋白和研究動(dòng)態(tài)2018免疫與生物網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)期精選課程Webinar直播企業(yè)學(xué)堂微芯片上的生化室已有244061人觀看輕松搞定疫苗的作用機(jī)制已有219615人觀看Medidata如何改善患者在臨床研究中的體驗(yàn)已有214453人觀看安捷倫2017二代測(cè)序系列講座之2:靶標(biāo)富集和文庫構(gòu)建技術(shù)大觀Merck新型解決方案原位RNA表達(dá)檢測(cè)方案及基礎(chǔ)研究實(shí)例分析BIO-RAD學(xué)堂GE技術(shù)大咖秀CellSignalingTechnology學(xué)堂技術(shù)專題第十一屆中國生物產(chǎn)業(yè)大會(huì)暨第三屆“中國光谷”國際生命健康產(chǎn)業(yè)博覽會(huì)火熱。上海病理科研技術(shù)服務(wù)購買